1、Oligo(dT ) Primer也可稱為寡聚胸腺嘧啶引物,是只有胸腺嘧啶組成的寡居核苷酸鏈,長度范圍在10~20個堿基之間,常用的Oligo(dT )Primer有15堿基、16堿基和18堿基。
Oligo(dT ) Primer利用了堿基互補配對的原則以及mRNA含有poly(A)尾巴的特點,巧妙設計而成。由于這個特點,使得Oligo(dT ) Primer只能和mRNA配對,并在適宜的條件下完成反轉錄。原核生物的RNA,真核生物的rRNA和tRNA無poly(A)尾巴,因此用Oligo(dT ) Primer作為反轉錄引物時,這些RNA均不能作為模板。這限制了反轉錄后獲得的總cDNA的數量和種類。另外,若mRNA過長,可能會形成二級結構,這時Oligo(dT ) Primer擴增也會有一定的困難。同樣提示我們,在反轉錄時根據需要選擇引物。
2、Random Primers即隨機引物,常用長度是6堿基或9堿基,它是一種混合體,在每一個位置上四種堿基都可以隨機的出現,如AATCGC,TTAAGCG等,如此可以有46或49種組合。
隨機引物可以根據堿基情況結合到幾乎所有的RNA上,包括mRNA、tRNA和rRNA。因此Random Primers適用于mRNA、tRNA和rRNA等所有RNA的反轉錄反應,適用于長的或具有發卡結構的RNA,對物種沒有限制,病毒、細菌、植物、動物等都可使用。
3、目前有的公司和實驗室提倡Oligo(dT)和Random Primers混合使用,以此保障獲得更為完整的cDNA。